再谈mvcc与vacuum[亲测有效]

再谈mvcc与vacuum[亲测有效]再谈mvcc与vacuum 1简介 在pg的各种技术讨论和日常运维中,vacuum永远是主要的话题之一。 pg数据库管理运维过程中,经常会调整以下的vacuum参数,以优化数据库的性能 alter …

再谈mvcc与vacuum

再谈mvcc与vacuum

1简介

在pg的各种技术讨论和日常运维中,vacuum永远是主要的话题之一。 pg数据库管理运维过程中,经常会调整以下的vacuum参数,以优化数据库的性能

alter system set autovacuum = on;
alter system set log_autovacuum_min_duration = -1;
alter system set autovacuum_max_workers = 6;
alter system set autovacuum_naptime=60;
alter system set autovacuum_vacuum_scale_factor=0.2;

代码100分

什么是vacuum?什么是mvcc?他们之间有什么关系? 这需要从数据库的并发控制说起

并发操作。即数据库中可以同时运行多个事务。这也是数据库区别于一般存储软件(Excel)的功能特点。并发控制是在并发运行中维护事务一致性和隔离性的一种机制。

  • 注:事务的ACID特性、事务的隔离级别和锁定不在本文讨论 有三种主要的并发控制技术,即 Multi-version Concurrency Control (MVCC), Strict Two-Phase Locking (S2PL) 和 Optimistic Concurrency Control (OCC),每种技术都有很多变体。 PostgreSQL使用称为 快照隔离 Snapshot Isolation (SI) 的MVCC变体。 在MVCC中,每个写操作都会创建新版本的数据项,同时保留旧版本。当事务读取数据项时,系统会选择其中一个版本来确保单个事务的隔离。MVCC的主要优势在于”读不会阻塞写,而写也从不阻塞读“,相反,例如,基于S2PL的系统当有写操作时必须阻塞读,因为写操作获得了独占锁。 为了实现SI,一些RDBMS(例如Oracle)使用回滚段(rollback segments)。当写入新的数据项时,旧的数据项被写入回滚段,随后新项被覆盖到数据区域。PostgreSQL使用更简单的方法。一个新的数据项被直接插入相关表页。读取数据时,PostgreSQL通过**可见性检查规则(visibility check rules)**来选择适当版本的数据项以响应单个事务。   以上介绍了mvcc的概念,要了解vacuum,还需要进一步了解mvcc机制及其产生的影响。  

2事务ID(txid)

每当事务开始时,由事务管理器分配一个唯一标识符 事务id(txid)。PostgreSQL的txid是一个32位无符号整数,约为42亿。如果在事务开始后调用内部函数 txid_current(),则返回当前的txid,如下所示。

代码100分testdb=# BEGIN;
BEGIN
test=> SELECT txid_current();
txid_current
--------------
592
(1 row)

PostgreSQL保留以下三个特殊的 txid: – 0 表示 Invalid txid,无效txid。 – 1 表示 Bootstrap txid, 它仅用于数据库集群的初始化。 – 2 表示 Frozen txid, 用来描述冻结状态。   txid可以相互比较。例如,从txid 100的角度看,大于100的txid表示“将来的”,并且它们在txid 100中不可见; 小于100的txid表示”过去的”并且可见

97 98 99 100 101 102

  可用的事务空间只有42亿个怎么办?这些存储空间会在很短的时间内被用完   tps是1000,42亿可以使用多长时间 4200000000 ÷ ( 24 × 3600 × 1000 ) =‬ ?

<!–48.6天–>

    因为txid逻辑上可以无限增加,而实际系统中txid空间是不够的(只能存放约42亿个),因此PostgreSQL将txid空间视为一个圆。之前的21亿txid是“过去的”,之后的21亿txid是“将来的”。在txid空间上循环使用。也就是说最老的txid与最新的txid之间总是相差21亿   849f6f7280b1b5bce2e39a3ca4d3592b.png

<!–思考,pg为什么限制使用32位?注意,没有为BEGIN命令分配一个txid。在PostgreSQL中,当执行BEGIN命令后执行第一个命令时,事务管理器将分配一个tixd,然后开始事务处理。–>

 

3事务回卷问题

在这里,我们描述事务ID回卷问题。 假定 txid 100 插入元组 Tuple_1,即 Tuple_1 的 t_xmin 为 100。服务器运行了很长时间,Tuple_1 没有被修改。当前 txid 为21亿+100,并执行 SELECT 命令。此时,Tuple_1 可见,因为 txid 100 是过去(可见的)。然后,执行相同的SELECT 命令; 此时,目前的 txid 为21亿+101。然而,Tuple_1 不再可见,因为 txid 100 在未来(如下图)。这是PostgreSQL中所谓的 事务回卷问题 transaction wraparound problem。   2274535c3fccc3e0d457ffc9e840d67c.png

  事务id回卷问题,非常严重,如果没有处理措施,等于数据丢失。也就是说,在事务时间轴上,最大相差21亿就会出现事务回卷问题。 为了解决这个问题,PostgreSQL引入了一个名为 frozen txid 的概念,并实现了 冻结 FREEZE 的过程。 在PostgreSQL中,定义了一个 frozen txid,它是一个特殊的保留 txid 2,它总是比所有其他 txid 更早。换句话说,frozen txid 总是不活动和可见的。 冻结处理由 vacuum 调用。其会将Tuple的t_xmin重写为2。  

<!–思考:冻结的速度要比使用的速度快!这样才不至于造成事务回卷。–>

     

4tuple结构

  HeapTupleHeaderData

t_xmin t_xmax t_cid t_ctid t_infomask2 t_infomask t_hoff null_bitmap user_data

虽然 [HeapTupleHeaderData]结构包含7个元素,但本文中只涉及其中4个元素。 – t_xmin 记录插入此元组的事务ID(txid)。 – t_xmax 记录删除或更新此元组的事务ID(txid)。如果这个元组没有被删除或更新,t_xmax被设置为0,这意味着INVALID。 – t_cid 记录命令ID(command id,cid),从0开始递增,表示当前事务中执行此命令之前执行了多少个SQL命令。例如,假定我们在单个事务中执行三个INSERT命令:BEGIN; INSERT; INSERT; INSERT; COMMIT;。如果第一个命令插入这个元组,则t_cid被设置为0,如果第二个命令插入该元组,则t_cid被设置为1,依此类推。 – t_ctid 记录指向自身或新元组的元组标识符(tuple identifier,tid)。tid用于标识表中的元组。当这个元组更新时,这个元组的t_ctid指向新的元组; 否则,t_ctid指向自己。    

5dead tuple

Inserting, Deleting and Updating tuple与dead tuple

1. Insert事例

begin;
insert into test_con values (1,"A");
commit;

  page结构: | block24 | | | | | — | — | — | — | | header_data(24byte) | pg_lsn | xxx | xxx | | xxx | pg_lower | pg_upper | | | | line_pointer_1(4byte) | | | | | freespace | | | | | | freespace | | | | | |heap_tuple_1| |

tuple   | | t_xmin |t_xmax | t_cid | t_ctid | user_data | | — | — | — | — | — | — | | tuple_1 | 594 | 0 |0 |(0,1) | “A” |    

  • t_xmin设置为594,表示这条数据是由事务594插入的
  • t_xmax设置为0,保留事务id,无效的。表示这行数据没有被update或delete
  • t_cid设置为0,表示这行数据是事务594插入的第一行数据
  • t_ctid设置为(0,1),指向自己,没有新版本产生
  • 注:page结构不在本文讨论,参考体系结构-物理结构 PostgreSQL提供了一个扩展pageinspect,用于显示page页的内容。
代码100分CREATE EXTENSION pageinspect;
create table test_con(id int,name text);
insert into test_con values (1,"A");
test=# SELECT lp as tuple, t_xmin, t_xmax, t_field3 as t_cid, t_ctid FROM heap_page_items(get_raw_page("test.test_con", 0));
tuple | t_xmin | t_xmax | t_cid | t_ctid
-------+--------+--------+-------+--------
1 | 594 | 0 | 0 | (0,1)
(1 row)

  2. delete事例  

begin;
delete from test_con where id=1;
commit;

page结构: | block24 | | | | | — | — | — | — | | header_data(24byte) | pg_lsn | xxx | xxx | | xxx | pg_lower | pg_upper | | | | line_pointer_1(4byte) | | | | | freespace | | | | | | freespace | | | | | |heap_tuple_1| |

tuple   | | t_xmin |t_xmax | t_cid | t_ctid | user_data | | — | — | — | — | — | — | | tuple_1 | 594 | 595 |0 |(0,1) | “A” |      

  • t_xmax设置为595,表示这行数据被事务595update或delete
  • 如果事务操作commited,那么这行数据tuple_1就不再需要了,会被标记为dead tuple。 可以通过扩展 pageinspect ,查看page的内容
test=# SELECT lp as tuple, t_xmin, t_xmax, t_field3 as t_cid, t_ctid FROM heap_page_items(get_raw_page("test.test_con", 0));
tuple | t_xmin | t_xmax | t_cid | t_ctid
-------+--------+--------+-------+--------
1 | 594 | 595 | 0 | (0,1)
(1 row)

3. update事例

test=> insert into test_con values (1,"A");
INSERT 0 1
test=> update test_con set name="B" where id=1; UPDATE 1
test=> update test_con set name="C" where id=1; UPDATE 1
test=>

  page结构: | block24 | | | | | — | — | — | — | | header_data(24byte) | pg_lsn | xxx | xxx | | xxx | pg_lower | pg_upper | | | | line_pointer_1(4byte) |line_pointer_2 | | | | freespace | | | | | | freespace | | | | |heap_tuple_2 |heap_tuple_1| |

tuple   | | t_xmin |t_xmax | t_cid | t_ctid | user_data | | — | — | — | — | — | — | | tuple_1 | 599 | 600 |0 |(0,2) | “A” | | tuple_2 | 600 | 601 |0 |(0,3) | “B” | | tuple_3 | 601 | 0 |0 |(0,3) | “C” |  

  • tuple_1

t_xmax设置为600,被事务600修改 t_ctid设置为(0,2),不再指向自己,指向第二个版本tuple_2

  • tuple_2

t_xmax设置为601,被事务601修改 t_ctid设置为(0,3),不再指向自己,指向第三个版本tuple_3

  • tuple_3

t_xmax设置为0,没有被修改过 t_ctid设置为(0,3),指向自己

如果事务操作committed,那么数据tuple_1和tuple_2就不再需要了,会被标记为dead tuple。 可以通过扩展 pageinspect ,查看page的内容

test=# SELECT lp as tuple, t_xmin, t_xmax, t_field3 as t_cid, t_ctid FROM heap_page_items(get_raw_page("test.test_con", 0));
tuple | t_xmin | t_xmax | t_cid | t_ctid
-------+--------+--------+-------+--------
1 | 599 | 600 | 0 | (0,2)
2 | 600 | 601 | 0 | (0,3)
3 | 601 | 0 | 0 | (0,3)
(3 rows)
test=#

问题 产生这么多的dead tuple怎么办?死数据导致表膨胀,不断占用磁盘空间    

6mvcc维护

通过以上的mvcc机制,可知,其一方面提高了并发,另一方面也会造成各种影响。所以需要通过引入vacuum机制解决此问题 PostgreSQL的并发控制机制需要以下过程维护。 1. 删除dead tuple和指向对应的dead tuple的索引元组。 2. 删除clog不必要的部分。 3. 冻结旧txid。 4. 更新FSM、VM和统计信息。

7vacuum概述

vacuum处理是一个维护过程,有助于PostgreSQL的持续运行。它的两个主要任务是 清理 dead tuples 和 冻结事务ID 为了清理 dead tuple,vacuum提供了两种模式,即 Concurrent VACUUM 和 Full VACUUM。Concurrent VACUUM(通常简称为VACUUM)为表文件的每个页清理 dead tuple,其他事务可以在此过程运行时读取表。相比之下,Full VACUUM 清理 dead tuple 并且整理文件的 live tuple 碎片,而其他事务无法在 Full VACUUM 运行时访问表。 vacuum处理有如下内容: – Visibility Map – Freeze processing – Removing unnecessary clog files – Autovacuum daemon – Full VACUUM  

8Concurrent VACUUM

vacuum处理对指定的表或数据库中的所有表执行以下操作 – (1) 从指定的表中获取每个表。 – (2) 获取表的ShareUpdateExclusiveLock锁。该锁允许从其他事务中读取。 – (3) 扫描所有页以获取所有dead tuple,并在必要时冻结dead tuple。 – (4) 删除指向相应dead tuple的索引元组(如果存在的话)。 – (5) 为表的每个页执行以下处理,步骤(6)和(7)。 – (6) 删除dead tuple并重新分配页中的live tuple。 – (7) 更新目标表的相应FSM和VM。 – (8) 如果最后一页没有任何元组,则截断最后一页。 – (9) 更新与vacuum处理的表相关的统计数据和系统目录。 – (10) 更新与vacuum处理相关的统计数据和系统目录。 – (11) 如果可能,删除不必要的文件和clog。   以上的步骤分几大块   1、该块执行冻结处理并删除指向dead tuple的索引元组。 首先,PostgreSQL扫描一个目标表来建立一个dead tuple列表,并尽可能冻结旧的元组。该列表存储在本地缓存的 [maintenance_work_mem]中。 扫描后,PostgreSQL通过引用dead tuple列表来删除索引元组。 当maintenance_work_mem满了并且扫描不完整时,PostgreSQL进行下一个任务,即步骤(4)到(7); 然后返回步骤(3)并继续进行剩余扫描。   2、清理dead tuple,并逐页更新FSM和VM。   0ac519caba08f6835c56fa70c0909ba4.png

假设该表包含三个page页。我们专注于第0页(即第一页)。这个页有三个元组。Tuple_2是一个dead tuple。在这种情况下,PostgreSQL清理Tuple_2并重新排序剩余的元组以整理碎片,然后更新此页面的FSM和VM。PostgreSQL继续这个过程直到最后一页。 请注意,不必要的行指针不会被删除,它们将在未来重用。因为如果删除行指针,则必须更新关联索引的所有索引元组。 由于vacuum处理涉及扫描整个表,所以这是一个昂贵的过程。在8.4版本(2009)中,引入了**可见性映射 Visibility Map (VM)**以提高清理dead tuple的效率。   3、 更新与vacuum处理的表相关的统计数据和系统目录。 而且,如果最后一页没有元组,它将从表文件中截断。 清理clog文件(clog记录了事务的状态)    

9vacuum冻结处理

  冻结处理有两种模式,根据特定条件在任一模式下执行。为了方便,这些模式被称为 lazy 模式 和 eager 模式。 1、Lazy 模式 Concurrent VACUUM在内部通常被称为“lazy vacuum”。这里讨论的是冻结处理的lazy模式 启动冻结处理时,PostgreSQL计算FreezeLimittxid并冻结t_xmin小于FreezeLimittxid的元组。 freezeLimit txid定义如下:

freezeLimit_txid =(OldestXmin-vacuum_freeze_min_age)

OldestXmin是当前正在运行的事务中最老的txid。例如,如果执行VACUUM命令时有三个事务(txids 100,101和102)正在运行,则OldestXmin为100.如果不存在其他事务,则OldestXmin是执行此VACUUM命令的txid。这里,[vacuum_freeze_min_age] 是一个配置参数(默认50,000,000)。 在这里,Table_1由三个页组成,每个页有三个元组。当执行VACUUM命令时,当前的txid是50,002,500,并且没有其他事务。在这种情况下,OldestXmin是5,002,500;因此,freezeLimit txid是2500.冻结处理执行如下。   af142ce4ae9a994429223f7a1b070ccf.png

  – 0th page 由于所有t_xmin值都小于freezeLimit txid,因此三个元组被冻结。另外,在这个vacuum过程中,由于Tuple_1是dead tuple,所以被清理。 – 1st page: 通过引用VM来跳过此页。 – 2nd page: Tuple_7和Tuple_8被冻结; Tuple_7被清理。   但是看上面的参数,很明显不能绝对保证这个约束,为了解决这个问题,PostgreSQL 引入了[autovacuum_freeze_max_age] 参数。默认值为2亿 如果当前最新的tXID 减去元组的t_xmin 大于等于autovacuum_freeze_max_age,则元组对应的表会强制进行autovacuum,即使PostgreSQL已经关闭了autovacuum。 也就是说,在事务时间轴上,相差超过50,000,000就会被执行冻结,超过2亿,强制执行冻结这也就避免了事务回卷,同时也保证事务清理,使可用事务空间足够大。保证事务的增长。   2、Eager 模式 eager模式弥补了lazy模式的缺陷。它扫描所有页以检查表中的所有元组,更新相关的系统目录,并在可能的情况下删除不必要的文件和clog页。 当满足以下条件时执行eager模式。

pg_database.datfrozenxid <(OldestXmin-vacuum_freeze_table_age)

在上面的条件中,pg_database.datfrozenxid表示[pg_database]系统目录的列,并保存每个数据库的最早的冻结txid。[Vacuum_freeze_table_age]是一个配置参数(默认值为150,000,000)。 在下面的事例中,Tuple_1和Tuple_7都已被清理。Tuple_10和Tuple_11已经被插入第二页。当执行VACUUM命令时,当前txid是150,002,000,并且没有其他事务。因此,OldestXmin是150,002,000,freezeLimit txid是100,002,000。在这种情况下,由于”1821(假设当前数据库的datfrozenxid都是1821) < (150002000 – 150000000)”,因此满足上述条件。因此,在eager模式中冻结处理如下执行。

18f424575157462fcaf942f5d1ab1b41.png

– 0th page 即使所有元组都已被冻结,Tuple_2和Tuple_3也被检查。 – 1st page: 此页中的三个元组都会被扫描并冻结,因为所有t_xmin值都小于freezeLimit txid(eager模式)。请注意,在lazy模式此页会跳过。 – 2nd page: Tuple_10已被冻结(lazy模式)。Tuple_11没有。   冻结每个表后,目标表的pg_class.relfrozenxid被更新。 在完成vacuum处理之前,必要时更新pg_database.datfrozenxid。每个pg_database.datfrozenxid列在相应的数据库中保存最小pg_class.relfrozenxid。   查看每个表的pg_class.relfrozenxid

SELECT n.nspname as "Schema", c.relname as "Name", c.relfrozenxid
FROM pg_catalog.pg_class c
LEFT JOIN pg_catalog.pg_namespace n ON n.oid = c.relnamespace
WHERE c.relkind IN ("r","")
AND n.nspname <> "information_schema" AND n.nspname !~ "^pg_toast"
AND pg_catalog.pg_table_is_visible(c.oid)
ORDER BY c.relfrozenxid::text::bigint DESC;

查看数据库的pg_database.datfrozenxid

SELECT datname, datfrozenxid FROM pg_database;

freeze 操作会消耗大量的IO,对于不经常更新的表,可以合理地增大autovacuum_freeze_max_age和vacuum_freeze_min_age的差值。   注意:手动vacuum带有freeze选项时,是egaer模式,且lazy模式中freezeLimit_txid等于oldestxmin  

10autovacuum

pg早期版本中,需要手动执行vacuum操作。现在已经增加了autovacuum功能。autovacuum守护进程已经使vacuum处理自动化; 因此,PostgreSQL的操作变得非常简单。 autovacuum守护进程定期调用几个autovacuum_worker进程。默认情况下,它每1分钟唤醒一次(由[autovacuum_naptime]定义,并调用三个worker由[autovacuum_max_workers]定义 触发条件

vacuum threshold = autovacuum_vacuum_threshold + autovacuum_vacuum_scale_factor * number of tuples

<!–思考:为什么要有vacuum base threshold。–>

  优化时可适当调整以上参数    

11Full VACUUM

虽然Concurrent VACUUM至关重要,但这还不够。例如,即使删除了许多dead tuple,它也不能减小表的大小。 vacuum会使dead tuple空间可重用,,而不是申请新的空间继续膨胀。(不会降低高水位线),dead tuple被清理; 但是,表大小并未减少。这既浪费磁盘空间,也会对数据库性能产生负面影响。 当对表执行VACUUM FULL命令时, 1. PostgreSQL首先获取表的AccessExclusiveLock锁并创建一个大小为8 KB的新表文件。AccessExclusiveLock锁不允许访问。 2. 将live tuple复制到新表中 3. 删除旧文件,重建索引,并更新统计信息,FSM和VM   4ea3f0999fe0852ef2f521e5e7ff4589.png

  什么时候做VACUUM FULL? 不幸的是,当执行”VACUUM FULL”时没有最佳时机。但是,扩展[pg_freespacemap]可能会给你很好的建议。

testdb=# CREATE EXTENSION pg_freespacemap;
CREATE EXTENSION
testdb=# SELECT count(*) as "number of pages",
pg_size_pretty(cast(avg(avail) as bigint)) as "Av. freespace size",
round(100 * avg(avail)/8192 ,2) as "Av. freespace ratio"
FROM pg_freespace("accounts");
number of pages | Av. freespace size | Av. freespace ratio
-----------------+--------------------+---------------------
1640 | 99 bytes | 1.21
(1 row)

  在执行VACUUM FULL之后,会发现表文件已被收缩。高水位线下降。  

12最佳实践

VACUUM相关参数

vacuum相关参数查看
select name,setting,current_setting(name) from pg_settings where name like "%vacuum%";
参数优化建议
alter system set maintenance_work_mem="1GB";
以下参数建议默认值
超过如下阈值,哪些表需要被自动FREEZE,如果设置了表级参数则以表级参数为准,否则以系统参数为准。
autovacuum_freeze_max_age   --默认值200000000,系统级参数强制触发vacuum
autovacuum_freeze_table_age  --表级参数
手工执行普通vacuum时,哪些表会被扫描全表,并freeze超过如下阈值
Vacuum_freeze_table_age --默认值150000000,影响eagerr模式
 
触发FREEZE时,哪些记录需要被FREEZE
vacuum_freeze_min_age   --默认值50,000,000,影响lazy模式
autovacuum_freeze_min_age   --表级
 
autovacuum参数
autovacuum_naptime  --默认值60s
alter system set autovacuum_max_workers=5;
autovacuum_vacuum_threshold --默认值50
vacuum scale factor --默认值0.2

dead tuple

查询dead tuple大于100000的表
select
  schemaname,
  relname
from pg_stat_all_tables
where
  n_live_tup>0
  and n_dead_tup*1.0/n_live_tup>0.2
  and schemaname not in ("pg_toast","pg_catalog")
  and n_live_tup>100000; 
vacuum(verbose,analyze) tf_f_announcement;
查询database age(>400000000)的数据库
select datname,age(datfrozenxid) from pg_database where age(datfrozenxid)>400000000 order by 2 desc;
查询rel age(>200000000)的表
select relname,age(relfrozenxid),pg_relation_size(oid)/1024/1024/1024.0 as "size(GB)" from pg_class where relkind="r" and age(relfrozenxid)>200000000 and pg_relation_size(oid)/1024/1024/1024.0 > 1 order by 3 desc;

查看数据库年龄状态,验证vacuum的清理是否正常

highgo=# SELECT oid,datname,datfrozenxid,age(datfrozenxid),datminmxid,mxid_age(datminmxid) FROM pg_database;
  oid  |  datname  | datfrozenxid |  age  | datminmxid | mxid_age 
-------+-----------+--------------+-------+------------+----------
     1 | template1 |      3543799 | 59954 |          1 |        0
 13356 | template0 |      3505222 | 98531 |          1 |        0
 13361 | highgo    |      3540390 | 63363 |          1 |        0
 24610 | test      |      3506058 | 97695 |          1 |        0
(4 rows)

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